這次由反修例引發的政治風暴，對香港和國家的關係造成了極其嚴重的難以彌補的破壞。
過去兩個多月的示威活動中，發生了多次刻意侮辱國家主權象徵的行為。作出這些行為的人雖是極少數，但其他參與示威活動的群眾並沒有和他們「割席」，沒有對他們的行為予以譴責，這就等如跟他們一起挑戰國家主權了。同樣，參加和平示威的市民，沒有跟那些在和平示威之後進行惡意搗亂的暴力分子劃清界線，這就等如縱容和支持他們堵路、襲警、破壞公共設施、擾亂社會秩序和癱瘓政府運作的行為，跟他們一起打擊特區政府的管治權威。
示威行為 激化兩地矛盾
這些現象，反映了香港社會蘊藏着一股對國家的負面情緒。這情緒已不只是部分老一輩港人因歷史原因產生的反共拒共心態，也不只是年輕一代因民族意識薄弱導至的對國家的疏離感；這是由多種原因形成的對中國政府和內地社會的嫌惡、抗拒甚至敵意。這種情緒，在反修例示威衝突中不斷昇華、激化。
另一方面，在示威活動中出現的挑戰國家主權和衝擊特區管治的行為，內地人民看在眼裡，必然怒在心頭，覺得港人在造反，在造特區政府的反、造國家的反；中央政府看在眼裡，便把事件定性為要顛覆特區政府、篡奪國家對香港管治權的顏色革命。
當然，參加反修例示威的人，不代表全部香港市民；而且，參加示威的人當中，相信大部分沒有「革命」或「造反」的意圖。但無可否認，反修例發展至反對特區政府、挑戰「一國兩制」的意識，即使不是香港社會的主流民意，在過去兩個多月佔了壓倒性的聲勢，使特區政府和支持政府的建制派一直陷於被動。無論從事件在本港引起的震盪，抑或從國內國際的觀感來看，都不能把這場風暴說成是少數人在鬧事，不能低估風暴對香港社會的深遠影響，不能設想風暴過後香港和國家可以回復到以前的關係。
缺乏互信 一國兩制難行
於是中央政府和香港市民都要面對一個嚴峻的問題：「一國兩制」怎樣走下去？
中央政府和香港市民之間的包容互信，是「一國兩制」成功實踐的重要條件。不幸地，在最近這十多年，特別是最近七、八年，這包容互信沒有增加，反而減少了。如果說跟中央政府缺乏互信的只是香港的反對派，那麼也不得不承認，反對派得到香港相當一部分市民的支持，他們代表的民意不容忽視；這可從歷次選舉的結果，以及這次反修例示威的規模可以看到。
正是因為猜疑多於互信，令《基本法》第二十三條立法不能成功進行，令政制發展的三次嘗試失敗了兩次，令國民教育課程進不了學校，更令修改《逃犯條例》觸發巨大政治危機。這些都是「一國兩制」實踐遇到的挫折，而每一次挫折，又加深了港人——起碼是代表相當一部分港人的反對派——和中央政府之間的矛盾，增加了雙方之間的猜疑，擴大了雙方對「一國兩制」實踐的評價和期望的差距。
假設特區政府憑自己的力量成功止暴制亂，不至局面失控(萬一不幸失控，後果難以估計)；風暴過後，將會出現怎樣的光景呢？
扭轉局面 靠中央大智慧
這場風暴令很多人感到震驚，國家領導人很有理由感到震怒。痛定思痛，追查致亂原因，一個很自然的結論，就是動亂是由香港內部的敵人勾結外國勢力搞起來的，得到反對派的支持，利用了受蒙騙的民眾。要防止再發生類似動亂，除了要狠狠打擊敵人(例如「港獨」分子)、教育廣大民眾之外，還要認真對付反對派，壓縮他們的活動空間。「中央對香港過分仁慈」、「應管不管」、「縱容反對派」、「養虎為患」一類的意見，在香港的建制陣營和內地民間，早已時有所聞，最近更甚囂塵上。中央政府如果要在風暴過後調整對香港的政策，「加強管控」的意見肯定要佔上風。
另一方面，在這場風暴中，市民對特區政府的信任和支持跌至歷史的最低點，對建制派的支持當然也跟着下滑，這起碼間接令反對派在社會上得到更大的支持。反對派挾着更強的民意，只會向中央要求更多的自由和權利，更大的活動空間，這就要和中央加強管控的政策措施發生正面衝突。不妨想像：如果反對派在接下來的區議會和立法會選舉中贏得多數議席，行政長官和特區政府能否有效施政，以貫徹中央政府對香港加強管控的政策呢？又如果特區政府採用嚴厲措施，例如「DQ」大量反對派候選人，以保證建制派在選舉裡贏得多數議席，社會又會怎麼反應呢？無論是哪一種情況，特區政府的管治都會舉步維艱，香港市民對「一國兩制」的信心只會進一步削弱。
要扭轉這樣的局面，唯有靠國家領導人的大智慧。