「慢性腹瀉」(Chronic diarrhoea) 一般指大便長期軟爛，超過四個星期，並且每天超過三次。主要病因包括「腸易激症候群」 (irritable bowel syndrome) 及「發炎性腸病」(inflammatory bowel disease)；後者有「克隆氏症」(Crohn disease) 及「潰瘍性大腸炎」（ulcerative colitis) 兩大類。其他發病原因還有多種「吸收不良症候群」(Malabsorption syndromes) 和一些「慢性傳染病」(Chronic infections)。
「腸易激症候群」屬常見都市病，與精神壓力有關；可引致長期腹瀉現象，其他病狀還有「腹絞痛」(abdominal cramp) 和「便秘」(constipation)。「發炎性腸病」則屬免疫系統毛病，患者的免疫力攻擊自己的腸道黏膜，在華人社會並不多見。
「甲狀腺功能亢進」(hyperthyroidism) 乃常見「內分泌毛病 」(endocrine disease)，「甲狀腺荷爾蒙」(thyroxine) 分泌增加，病徵包括體重下降、心跳、手震等問題，患者或會有長期腹瀉現象。
糖尿病病人神經線易受破壞，或影響控制腸道的「副交感神經」(parasympathetic nerves)，腸胃蠕動變得非常活躍，同樣可以引致長期腹瀉。
「乳糖不耐受症」(Lactose intolerance) 在華人社會較多見；患者未能消化「乳糖」(lactose)，奶類食品可引致肚瀉。西方人較易患上「乳糜瀉」(Coeliac disease)，屬「自體免疫系統病」(Autoimmune disease) 的一種，含「麥膠」(Gluten) 食物可引免疫反應，攻擊自己的身體組織，令小腸黏膜受損，引致肚瀉；避免進食含「麥膠」食物，可控制病情。
不少藥物可引致腹瀉，例如治療便秘的瀉藥，還有治療「痛風」(gout) 的「秋水仙鹼」（colchicine)，也包括多種「抗生素」(antibiotics)。
持續腹瀉，大便有血，體重下降，或有發燒，甚至有脫水現象，應立刻求醫，安排驗血驗大便，並考慮內窺鏡檢查，還需排除「大腸癌」。
處理慢性腹瀉，必須先找出病因，對症下藥；胡亂服用止瀉藥，並不可取。