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本港有逾8,900間認可慈善機構，提供不同服務予有需要人士，為支持有關機構，政府均會向相關機構提供各種支援，包括豁免繳稅或以象徵式地價批地等。不過，審計署最新一份審計報告指出，有慈善機構向董事支付逾千萬元薪酬，無退還款項外，其免稅地位沒受影響；同時發現以優惠地價批予慈善機構的用地，部分用來營運酒店，審計署認為有需要檢討稅務條例條文。
最新一份審計報告利用兩個章節，提及慈善機構及其籌款活動的監管等。報告指出，截至去年9月，共有8,923間認可慈善機構，在稅務條例下獲豁免交稅，由稅務局負責評核他們的免稅地位，惟稅務局角色有局限，如有多宗違反董事薪酬條款的個案，當中有慈善機構向9名董事支付1,300萬元薪酬，即使稅務局發現後，董事亦沒有退還款項，也沒有影響該機構的免稅地位。另有慈善機構部分開支並無貫徹其慈善宗旨。稅務局覆查資料發現，有慈善機構的捐款支出中，有23.6萬元用於重建祠堂及修葺某董事的祖墳，雖曾於2011年底撤銷該機構的免稅地位，但機構在2014年申請恢復確認，稅務局亦接納機構承諾日後不作類似支出，故恢復其免稅地位。
稅務局回覆審計署查詢時指，雖然機構有違反董事薪酬條款，或某些開支項目無貫徹其慈善宗旨，但稅務局沒權力要求慈善機構退還款項相關開支，也不會影響其慈善地位，而稅務局亦只能提醒慈善機構遵從規管文書的收入條款，並建議採取補救行動。審計署認為稅務局有需要考慮檢討《稅務條款》的條文，使稅務局能有效發揮管理慈善機構免稅地位的角色。
審計署亦審查14幅政府以免地價或優惠地價向獲准免稅的慈善機構批出的土地，當中3份地契沒有列明任何用途限制，另外11幅雖有列明用途，部分可作宿舍，但地契並沒有清楚界定「宿舍」和「酒店」的分別。報告又指出，該11幅土地全部有跡象顯示已用作酒店、服務式住宅及以商業方式營運，當中只有1幅有列明不可分派利潤的規定。為確保來自免地價或優惠地價批出的土地所得利潤，用於政府接納的用途，審計署認為，有必要在地契中加入不得分派利潤的規定。
近年慈善界急速擴展，慈善機構的公開籌款活動亦愈趨普遍，惟審計報告批評政府對有關活動的監管有待改善，如對賣旗以外的街頭慈善籌款，沒訂立行政費上限，在2012/13至2015/16年度，這類籌款活動的開支佔總收入22%至30%不等。
審計署又發現，去年地政總署拒絕約千個公眾地方籌款活動的申請，而社署就獲批的申請作60次抽樣視察，發現當中一半並無進行任何籌款活動，反映公眾資源未獲善用。在售賣慈善獎劵方面，有120個相關活動牌照持牌人遲交獎劵帳目，佔整體的46%，部分逾期半年以上，民政署都未發催辦信或警告信。
審計署建議社署研究街頭慈善籌款「行政費用」定義，並就行政費設上限；而民政事務總署亦應採取措施方便公眾查閱獎劵帳目。