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路政署早前預告屯門至赤鱲角連接路南面及北面工程延至2020年全面完工。運房局向立法會提交的文件透露，北面海底隧道工程有阻滯，當局早前要求承建商修訂口岸人工島下的一段700米長隧道設計方案，惟當局認為修訂方案「建造費不合理地高昂」，現仍在商討方案及費用，現不宜公開資料。
運房局解釋，屯門至赤鱲角連接路因北面海底隧道要再挖深10米，以避開碎石樁，確保工程安全，隧道設計及施工方案亦要作相應修改。
工程至今接獲承建商的134宗申索，申索金額約30億元，整個工程總核准預算為467億元，預留的應急費用足以應付目前預計工程額外開支，並無超支。