一旦發現腎結石，便應作出治療。即使結石仍小，未有任何症狀，患者也須加強觀察防範，以免出現突發性的劇痛或產生後遺症。
小於5毫米的腎結石，九成可從尿液自行排出，因此可以採用保守治療，即：
1. 多喝水，每天三公升以上；
2. 多運動，例如打籃球等有跳躍動作的運動；
3. 不要忍尿；
4. 定期追蹤結石狀況。
希望藉此讓結石自然排出體外。
偶爾有些結石雖小，卻造成患者的輸尿管阻塞與劇痛，在這情況下，可以採用「藥物排石治療」，使用止痛劑，以及平滑肌解痙劑或α受體阻滯劑，使輸尿管擴張，加速結石排出。
直徑介乎5毫米到20毫米的腎結石，可以採用「體外震波碎石術」，在病人體外放置一部機器，釋放震波，把結石震碎至芝麻般細小，讓它們跟隨尿液自然排出體外。但這項手術不適用於：
- 懷孕患者；
- 太硬的結石，例如胱胺酸結石；
- 有併發感染風險的人士，因為結石震碎後，細菌容易滋生；
- 服用抗凝血劑的病人。
而且在碎石的過程中，有7%患者會出現腎臟損傷、出血情況，導致血尿。