要治療逆行射精，需要先確定病因（詳情可參閱早前文章《導致逆行射精的四大病因》），對症下藥。
若是由藥物引起的逆行射精，只需停藥，便可望回復正常。病人可與醫生磋商，轉用其他藥物來治療本身的病症。
由其他疾病引起的逆行射精，則需及時治療其原發病。必須強調：治療要及時！
例如糖尿病等原發病症，因為會損害神經線，因此必須及早治療，以達到預防及改善的目的；一旦到了晚期，神經遭受永久損害，便難以恢復了。
這等原發病的患者在發現逆行射精時，一方面要控制原發病，另一方面也可用藥物治療逆行射精的問題。
一般用於治療逆行射精的藥物，包括：
．α-腎上腺素交感神經興奮劑
．三環抗抑鬱藥（丙咪嗪）
至於因為尿道嚴重狹窄而致逆行射精的患者，則可以進行尿道擴張手術，使精液能順利通過尿道排出體外。
最後，由手術引致的逆行射精，是最難復原的。有些手術破壞了通往膀胱的神經線，難以修復。有些手術則令膀胱頸部破損而鬆弛，雖然可以進行手術修補，但通常不建議進行。
針對膀胱頸鬆弛，可進行修補膀胱頸手術或膀胱內括約肌成形術，以緊縮膀胱頸口，阻止精液逆流入膀胱。不過，此手術的成效低，而且逆行射精對身體無害，因此屬於不必要的手術，一般不建議進行。
逆行射精的唯一壞處是不育，但患者可以通過人工授孕來克服這問題。患者只需在行房後，把第一次小便留起，交到實驗室進行離心沉澱，再收集小便中的精子，進行人工授精。
比起做膀胱頸修補術，通過人工授精而孕育小孩的成功率更加高，也令人更有把握。