東涌河有齊香港所有6種招潮蟹。
於東涌河能找到本港其中3種彈塗魚。
東涌河是罕有能大致保持天然河道，少受人為影響的河溪，極具保育價值。
政府近年雖然大力發展東涌新市鎮，但難得東涌河只有極少部分受人為污染影響，整體河道的天然環境和生態系統大致仍能保持。環保團體綠色力量獲香港國際機場環保基金支持，舉辦《賞．識東涌河》計劃，過去3年在東涌河進行生態調查，發現了多種本地少見或首次於大嶼山錄得的物種。計劃亦著重市民參與，包括由市民擔任公民科學家進行生態調查，並建構平台讓市民、專家學者及政府決策官員共同探討更切合社區需要的保育方案，推動「自己河流 自己保育」。
東涌河被漁農自然護理署列為香港淡水魚物種第二豐富的河溪，具有極重要的生態價值。綠色力量助理高級教育及保育主任盧詠鋒表示，東涌河口位於鹹淡水交界及因不受大浪沖刷，堆積起的泥土碎石為紅樹林創造了極佳條件，更成為多種生物的棲息地和育幼場。東涌河紅樹林不單是少數可找齊本港全部6種招潮蟹的地點，亦可發現本港4種彈塗魚中的3種，以及其中兩種鱟（馬蹄蟹）。此外，於河口附近可找到超過10種紅樹及類紅樹，還有蜻蜓、鳳蝶、螺、寄居蟹，以及超過40種原生魚類等，物種相當豐富。
自己河流 自己保育
為期3年的計劃，透過生態監察調查、公民科學家、生態學習班及導賞團等不同類型活動，讓市民增加對東涌河的了解，並於河溪及紅樹林找到一些本地少見或首度於大嶼山出現的生物，包括大鱗鰭蝦虎魚、擬屠氏管招潮蟹、青彈塗魚及圓尾鱟等。計劃並以問卷收集區內居民意見，讓當局可於制定發展及生態保育策略時作為參考。還透過專家、環團和政府官員的論壇，讓官員更清晰聆聽不同持分者的意見。
經過多年爭取及多次修改後，政府終落實在發展新市鎮的同時，亦致力還原東涌河的自然環境和生態，於中下游部分興建河畔公園，成為全港首個試點，讓各種生物和居民可共融共享，這種發展模式亦可作為日後環團和政府合作的參考新方式。
學者倡未來河畔公園著重教育
香港浸會大學國際學院環境保育學學術統籌主任及講師梁士倫博士亦指，擁有豐富物種的東涌河是少有較少受人為改變，雖面對發展威脅，但仍大致可保持天然的河溪，因此更適合在發展新市鎮計劃前，作出完善保育規劃。他期望在發展新市鎮的同時，能做好水質監控，讓河道免受污染影響。另一方面，可以做好河畔公園的管理及教育推廣，讓市民在「親水」的同時，不會對環境和生態造成破壞。
盧詠鋒指計劃可作為日後政府與環團合作的參考模式。