擴展後的大埔濾水廠。(《審計報告》圖片)
大埔濾水廠獲立法會批出64.8億元工程預算，審計署發現截至今年3月，核准工程預算已動用49.864億元(77%)，當中水務署批出3份工程合約，各工程大致2013年1月至2019年12月完成，但分別延期2.7至19.1個月，合約涉款43億元。
《審計報告》提到，水務署2017年1月批出一份1.8億元合約，為大埔濾水廠供應和安裝4組現場氯氣生產設施。顧問就生產設施貯存危險品事宜向消防處申請，才獲知消防處基於安全理由，不會批准濾水廠新建的現場氯氣生產設施，與原有的液氯處理系統同時運作。水務署需要在牛潭尾濾水廠製氯作過渡措施，而跨廠運送過程中，又曾經發生達100公升的化學品洩漏，影響附近魚塘，最終製氯設施2020年11月才正式完工投入服務，較原定遲2年7個月。
審計署認為，在推展工程項目時，水務署需要採取措施，就貯存和製造危險品和化學品的法例規定，盡早諮詢有關當局。
報告亦提到安裝4組現場氯氣生產設施，顧問發出更改令費用由原先預算費用總額的2.2億元，大增七成、至最終的3.732億元。顧問解釋，在未有詳細工程設計的情況下，更改令預算費用由承建商提供，並由顧問審核。審計署認為，在推展工程項目時，水務署需要在切實可行的情況下，在發出相關更改令前敲定工程設計。