大腸鏡其中一個最擔心的風險是腸道穿孔，文獻指風險大約千分之一至千五分之一。若穿孔的話患者有可能出現腹膜炎，甚至部分要做急症手術去修補腸道。其次是切除息肉的位置可能持續流血，有可能需要再做大腸鏡去止血。而有極少數病人會對止痛藥、鎮靜劑有過敏反應，亦是其中一個可能發生的併發症。
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