經顱磁刺激(Transcranial Magnetic Stimulation)最先是由碧嘉(Baker)等科技家在1985年發明和運用，它是利用磁刺激原理，以非侵入性方式，運用由金屬線圈所產出的磁力脈衝，在腦部指定地點引發微量的電流反應，從而刺激該部分的功能變化，而磁性脈衝也可以分為單一(single-pulse)或重複(repetitive)，單一脈衝只能有即時作用，但重覆脈衝能夠刺激或抑制某些大腦功能，低頻刺激能夠對腦部細胞產生抑制功能，而高頻刺激相反能夠有效加強腦部功能，這樣便能夠為大腦運作上作出調控，從而改善腦部運作和治療腦部病變等。
目前經顱磁刺激治療在精神科運用主要是治療耐藥性的嚴重抑鬱(Treatment resistant depression)個案，患者一般需要接受1星期5天的治療，而治療期由4至6星期不等，每次治療時間為數十分鐘，和電極刺激治療不同，治療過程中病者不用麻醉，治療師會把磁刺激線圈放到病者頭上，磁刺激便可經頭皮傳送到病者腦部需要刺激或抑制部分，大多數人在治療過程中頭皮會有輕微疼痛，感覺類似於靜電，在治療開始時會比較明顯。
重複經顱磁刺激(rTMS)有可能引發腦癇發作，但機會輕微，病者在治療期間需要定期接受精神科醫生的評估和檢查來調整治療方案。