新空管系統啟用逾一年，傳真社報道，根據民航處最新數字，去年涉及飛行間距不足的安全事故高達17宗，創6年新高，較2016年升七成。航機間距曾於一瞬間低於標準間距10%以內的「輕微技術事故」有12宗，是2016年的3倍。該社引述資深前線空管人員指，飛行間距不足頻繁出現的主要原因，是新空管系統多次發出錯誤的預測衝突警告及衝突警告。
民航處回應時強調，新空管系統在發生飛行間距不足事故時發出警示，但在某些情況下，例如當兩架飛機在空中等待區內等待降落時，須保持最少1,000呎垂直距離，當其中一架航機改變飛行高度，便會與另一航機的垂直距離縮短，系統便有可能按設計直接發出衝突警示而不會先發出預測衝突警示，但這並不代表有關功能出現故障；又指世界上任何航管系統，間中都會出現間距不足的個案，處方會調查每宗個案以作改善。