根據研究指出，兒童攝取褪黑激素過量的副作用包括嗜睡 、頭痛、焦慮以及晚上尿床，甚至曾有個案死亡。
據台灣睡眠醫學會統計，每5人就有1人苦於失眠，為了避免安眠藥成癮，有些人改為服用較安全的褪黑激素來幫助入眠。然而，根據哈佛醫學院研究，兒童服用過量褪黑激素恐會引起身體不適甚至死亡！衛生福利部食品藥物管理署也提醒民眾切勿服用來路不明的藥品，以免對健康產生危害。
根據CNN和《紐約時報》報道，《美國醫學會期刊》(JAMA)25日發表研究報告指出，調查25種含有褪黑激素的品牌當中，標誌不實的產品多達22種，其中一款褪黑激素軟糖含量為標籤上所標注含量的347%，還有一款根本未測出任何褪黑激素含量，只有3個品牌所含褪黑激素量和產品標誌相差在10%以內。
褪黑激素只要不過量都很安全，但過量可能對身體造成危險，例如導致嘔吐或呼吸困難。哈佛醫學院副教授彼特柯恩(Pieter Cohen)領導的研究團隊發現，2022年因兒童服用過量褪黑激素引起身體不適的求救電話激增。過去10年來，嬰幼兒照護者的求救電話超過25萬通，其中4,000兒童住院，287人住進加護病房，5名接受機器催吐治療，2人死亡。
華盛頓大學西雅圖兒童醫院兒科教授布魯納(Cora Collette Breuner)警示，家長們給孩子購買褪黑激素軟糖來幫助改善睡眠，副作用包括嗜睡 、頭痛、焦慮以及晚上尿床或小便次數增加。
目前醫學界對於褪黑激素治療失眠的效果沒有一致共識，有待更多研究評估。
褪黑激素治療失眠？食藥署闢謠
褪黑激素能否改善失眠？食藥署特別闢謠，褪黑激素是大腦松果體所分泌的激素，主要功能是調節人體生理時鐘。白天時，視網膜會把接收到的光線轉為訊號傳到下視丘，抑制褪黑激素分泌；夜晚時，人體會分泌較多的褪黑激素，可作用在大腦與人體各部位，使人逐漸產生睡意，進入睡眠狀態。
雖然有研究指出褪黑激素可增進主觀睡眠品質、稍微減少入睡時間，但這些都不是用來評估睡眠改善的客觀指標。因此目前醫學界對於褪黑激素治療失眠的效果沒有一致共識，有待更多研究評估，仍需長期、大量使用的相關研究證實。
食藥署提醒，根據藥事法規定，褪黑激素產品屬藥品列管，擅自販售未經核准之藥品，屬違法行為。民眾切勿購買來路不明的藥品自行使用，因療效及安全性並未經過確認，可能對健康產生危害。並建議民眾作息要與日夜規律符合，才能擁有良好的睡眠品質。
- 白天：應照到充足光線，一睡醒就要拉開窗簾、曬太陽。
- 晚上：減少開燈、讓光線暗些，並減少使用螢幕、手機，避免光線刺激而抑制褪黑激素的分泌。
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